Только афЕра. Кстати, по-французски афЕра (affaire) - это "дело". Просто дело, без всяких подпольных дополнительных значений. Но у нас в русском языке все наоборот , и "афЕра" стала именно сомнительным делом, сделкой с элементами мошенничества .
Есть и производное слово – аферист.
Здесь тоже всё понятно - это человек, который занимается афЕрами. По-другому, мошенник не простой, высшего класса.
Кстати, во французском языке у слова affairiste такое же значение, как у нас. С таким человеком в любой точке земного шара лучше дела не иметь.